広域分散計算技術を応用した創薬シミュレーショ ン

ドッキングシミュレーションは、コンピュータ上で多数のタンパク質と化合物の組み合わせをシミュレートします。本研究では、複数の計算拠点を結んだ広域計算環境上で創薬シミュレーションの計算負荷を分散することにより効率化するとともに、当該分野の科学分野に貢献することを目的としています。この研究は、環太平洋周辺諸国の30以上の研究機関・大学が参画する国際研究コミュニティPRAGMAの提供する広域計算テストベッド上で行っています。

 
なお、これらの研究成果の多くは、UCSDおよび大阪大学の大学院生や学部生によってもたらされています。
 

研究成果

• Jason H. Haga, Kohei Ichikawa, Susumu Date, “Virtual Screening Techniques and Current Computational Infrastructures”, Current Pharmaceutical Design, Vol.22, No. 23, pp. 3576-3584, 2016. [DOI: 10.2174/1381612822666160414142530]
• Daniel Li, Brian Tsui, Charles Xue, Jason H. Haga, Kohei Ichikawa, Susumu Date, “Protein Structure modeling in a Grid computing environment”, Proceedings of The 9th IEEE International Conference on e-Science (e-science 2013), pp. 301-306, Beijing, China, Oct. 2013.
• Wen-Wai Yim, Shu Chien, Yasuyuki Kusumoto, Susumu Date and Jason Haga, “Grid Heterogeneity in In-silico Experiments: An Exploration of Drug Screening Using DOCK on Cloud Environments”, Healthgrid Applications and Core Technologies (Proceedings of HealthGrid 2010), IOS Press, pp.181-190, Paris, June 2010.
• Marshall J. Levesque, Kohei Ichikawa, Susumu Date and Jason Haga, “Design of a Grid-Service-based Platform for in silico Protein-Ligand Screenings”, Computer Methods and Programs in Biomedicine, Vol. 93, No. 1, pp. 73-82, Jan. 2009.