ドッキングシミュレーションのためのパラメータ調整支援システム

DOCKを用いたドッキングシミュレーションを実施する際、研究者は多数のパラメータを調整する必要があります。またドッキングシミュレーションを行なうためには、複数のプログラムを組み合わせて実行する必要もあります。本研究では、ドッキングシミュレーションを実施する際に、研究者が広大なパラメータ解析空間を探索する必要性に着眼し、その試行錯誤的なパラメータ調整を支援するシステムの実現を目指しました。具体的には、研究者があらかじめ実行フローおよびそのパラメータセットをテンプレートとして定義する事で、ドッキングシミュレーションを実行するためのパラメータ設定を自動的に行なってくれるシステムの開発を行ないました。
 

研究成果

• Takashi Maeno, Susumu Date, Yoshiyuki Kido, and Shinji Shimojo, “Analytic space management for drug design application”, IPSJ Transaction on Bioinformatics, Vol. 47, No. SIG17(TBIO 1), pp.93-104, Nov. 2006.
• Takashi Maeno, Susumu Date, Yoshiyuki Kido, Ichiro Hasegawa, Shinji Shimojo, “A System Architecture Assisting User Trial-and-Error Process in in-silico Drug Design”, Proceedings of The 7th International Conference on High Performance Computing and Grid in Asia Pacific Region (HPCAsia2004), IEEE CS Press, pp.357-364, Omiya, July 2004.

関連学位論文

• 前野隆志, “試行錯誤的なユーザインタラクションを考慮した創薬シミュレーション支援システムに関する研究”, 大阪大学大学院情報科学研究科博士学位論文, 2007年1月.